KEGGGlycan数据库的原理是什么

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复合糖作为糖类与蛋白质或者脂质结合的产物 ,在生物中分布广泛,具有重要的功能。GLYCAN 数据库收录了实验验证过的复合糖的信息,主要是结构信息。每条记录用G number 标识,比如 G00197

对于复合糖而言,搞清楚其结构只是最基础的研究,我们更加关注其在生命活动中的意义。kegg 将复合糖相关的基因,代谢途径, 疾病等信息关联在一起,通过pathway的形式进行展示。 在pathway 数据库中,有1个类别,专门用于描述复合糖的代谢通路信息,叫做 Glycan biosynthesis and metaboli

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在这些pathway 中,主要展示的信息是复合糖的代谢途径,与基因的相互作用等信息,有部分图中还包含了复合糖对应的生物合成途径,或者降解途径,这部分信息成为 structure map。比如 map00510, 可以分成以下两部分:

  1. 代谢通路

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  1. structure map

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对于复合糖在癌症中的作用,专门有1个pathway 来记录这些信息

http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa05205

糖基转移酶催化糖类与蛋白,脂质等物质的结合。
有关糖基转移酶的信息,在KO 数据库中进行了存储,比如下图,不仅给出了对应的基因,还给出了对应的enzyme EC 编号, CAzy 数据库的信息,而且还给出了参与的pathway 信息。

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对于所有收录的糖基转移酶的分类,对应 brite 数据库中的链接如下

http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?ko01003.keg

总结

  1. Glycan 数据库收录了糖类物质的结构信息,并给出了糖类参数的各种代谢通路。

  2. 糖基转移酶,催化糖类与蛋白质,脂质等的结合,在KO数据库中给出了对应的信息。

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