方法一：

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将libs文件夹下的so文件，通过gradle配置任务编译成jar文件。

apply plugin: 'com.android.library'

android {
    compileSdkVersion rootProject.ext.compileSdkVersion
    buildToolsVersion rootProject.ext.buildToolsVersion

    defaultConfig {
        minSdkVersion rootProject.ext.minSdkVersion
        targetSdkVersion rootProject.ext.targetSdkVersion
    }


    /** 导入so文件 */
    task nativeLibsToJar(type: Zip, description: "create a jar archive of the native libs") {
        destinationDir file("$projectDir/libs")
        baseName "Native_Libs2"
        extension "jar"
        from fileTree(dir: "libs", include: "**/*.so")
        into "lib"
    }

    tasks.withType(JavaCompile) {
        compileTask -> compileTask.dependsOn(nativeLibsToJar)
    }


}

dependencies {
    provided fileTree(dir: 'libs', include: ['*.jar'])
}

参考资料:http://blog.csdn.net/wulianghuan/article/details/44567001

方法二：

通过插件将so文件依赖到jniLibs文件夹。

参考资料:http://www.jcodecraeer.com/a/anzhuokaifa/Android_Studio/2015/0804/3256.html

插件/开源项目 ：https://github.com/nhachicha/android-native-dependencies

方法三：

最佳方法。

android {
    sourceSets.main.jniLibs.srcDirs = ['libs']

    compileSdkVersion rootProject.ext.compileSdkVersion
    buildToolsVersion rootProject.ext.buildToolsVersion

    defaultConfig {
        minSdkVersion rootProject.ext.minSdkVersion
        targetSdkVersion rootProject.ext.targetSdkVersion
    }

}

分享文章：AndroidStudio:正确引入so文件的方法
文章地址：http://azwzsj.com/article/pjgdee.html