OncoKB数据库有什么用

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OncoKB收集了肿瘤发生发展相关的,具有临床意义的基因组变异信息,对于每个变异,提供了其对应的生物学效应,药物互作,预后和治疗意义等详细信息。

数据库的网址如下

http://oncokb.org/

该数据库以基因为中心,提供了每个基因上的变异,相关肿瘤类型,实验证据等信息,示意如下

OncoKB数据库有什么用

根据实验证据的来源和可信度,划分为下图所示的不同等级

OncoKB数据库有什么用
其中level1和level 2A是具有临床意义的基因组变异,通过Actionable Genes菜单,可以查询基因组变异与药物的互作信息,示意如下

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点击每个基因ID, 可以查看该基因上所有的基因组变异,分为两类

  1. Clinically Relevant Alterations

  2. All Annotated Alterations

ABL1为例,示意如下

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通过Cacner Genes菜单,可以查询肿瘤原癌基因和抑癌基因的列表,示意如下

OncoKB数据库有什么用

除了查询功能外,该数据库还提供了命令行工具,用于注释自己的基因组变异信息,支持SNV, CNV, 融合基因等信息的注释,该工具名为oncokb-annotator, 网址如下

https://github.com/oncokb/oncokb-annotator

该数据库中的信息已经被整合到了cBioPortal中,可以帮助科学家们更好的开展肿瘤研究。

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