R语言ggplot2怎么画四方形的热图并展示相关系数
R语言ggplot2怎么画四方形的热图并展示相关系数,很多新手对此不是很清楚,为了帮助大家解决这个难题,下面小编将为大家详细讲解,有这方面需求的人可以来学习下,希望你能有所收获。
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第一步是做相关性分析,获得相关系数
R语言里做相关性分析需要准备的数据格式如下:每行是一个样本,每列是一个变量,存储到excel中,然后另存为csv格式数据
需要示例数据的可以直接在文末留言
df<-read.csv("example_data/cor_plot_example.csv",
header=T,
row.names = 1)
df
直接用cor()
函数获得相关系数矩阵
cordf<-cor(df)
cordf
reshape2
包中的melt()
函数就可以了plotdf<-reshape2::melt(cordf)
plotdf
最基本的热图
library(ggplot2)
ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
geom_tile(aes(fill=value))
ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
geom_tile(aes(fill=value))+
scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")
ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
geom_tile(aes(fill=value))+
scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")+
geom_text(aes(label=value))
plotdf$value<-round(plotdf$value,2)
ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
geom_tile(aes(fill=value))+
scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")+
geom_text(aes(label=value))
包括去掉灰色背景,去掉坐标轴的标题和小短线
ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
geom_tile(aes(fill=value))+
scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")+
geom_text(aes(label=value))+
theme(panel.background = element_blank(),
axis.title = element_blank(),
axis.ticks = element_blank())
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