tRNAscanSE怎么安装使用

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tRNA 的预测可以使用 tRNAscanSE ，该软件能够以每 15M 碱基假阳性低于 1 的灵敏度识别超过 99% 的 tRNA 基因，是目前预测 tRNA 最有力的工具。 tRNAscanSE 能在基因组水平上进行 tRNA 扫描，该软件利用 perl 整合了 tRNAscan 、 EufindRNA 和 Cove 这 3 个独立的 tRNA 检测软件，在运行时首先调用 tRNAscan 和 EufindRNA 鉴定基因组序列中的 tRNA 区域，然后调用 Cove 进行验证。

安装方法如下所示：

mkdir tRNAscantar -zxvf trnascan-se-2.0.5.tar.gzcd tRNAscan-SE-2.0./configure --prefix=(path)/tRNAscan #括号中省略了绝对路径makemake installecho 'export PATH=$PATH:(path)/tRNAscan/bin' >> ~/.bashrcsource ~/.bashrc

该工具依赖 Infernal ，接下来还要安装 Infernal 1.1.2 ，如下所示：

wget -c http://eddylab.org/software/infernal/infernal-1.1.2.tar.gzmkdir infernaltar -zxvf infernal-1.1.2.tar.gzcd infernal-1.1.2./configure --prefix=(path)/infernalmakemake installecho 'export PATH=$PATH:(path)/infernal/bin' >> ~/.bashrcsource ~/.bashrc

tRNAscanSE 的使用方法如下所示：

tRNAscan-SE -B -o tRNA.out -f rRNA.ss -m tRNA.stats genome.fasta-A  适合于古细菌；-B  适合于细菌；-G  适合于古细菌，细菌和真核生物的混合序列；-O  适合于线粒体和叶绿体。不设置以上选项，则默认适合于真核生物；-C  仅使用Cove 进行tRNA 分析。虽然从一定程度上提高了准确性，但是运行速度很慢；-o  结果文件名-f  tRNA的二级结构结果文件名-m  统计结果文件名。

对细菌基因组序列进行预测，如下所示：

tRNAscan-SE -B -o twk.tRNA.out -f twk.tRNA.ss -m twk.tRNA.stats new.scaffolds.fasta

结果文件中out文件为不同Scaffolds上预测的tRNA位置及种类信息：

tRNAscanSE怎么安装使用

stats文件为预测到的tRNA统计信息，包括预测到的tRNA数、总碱基数等，如下所示：

tRNAscanSE怎么安装使用

ss文件为tRNA二级结构信息，如下所示：

tRNAscanSE怎么安装使用

其中大于号或小于号表示互补配对区域，点号表示环形域或非互补配对区域。可以根据out文件与基因组序列提取出tRNA的序列文件与gff文件，如下所示：

perl 10_tRNAscan_parser.pl twk.tRNA.out new.scaffolds.fasta TWK

结果如下所示：

tRNAscanSE怎么安装使用

序列名称后面为该 tRNA 所携带的氨基酸以及反密码子。

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