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circoscolors怎么使用

本篇内容主要讲解“circos colors怎么使用”，感兴趣的朋友不妨来看看。本文介绍的方法操作简单快捷，实用性强。下面就让小编来带大家学习“circos colors怎么使用”吧!

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颜色属性是circos中使用频率最高的属性，由colors这个block进行设置，默认的配置文件为etc/circos.conf。

在circos中，每种颜色都有一个唯一的name,通过这个name来调用该颜色值。配置文件中定义的就是各种颜色的值，在定义颜色值时，有以下3种方式

  1. rgb

  2. hsv

  3. lch

上述三种方式对应三套不同的颜色体系，rgb对应RGB色彩模式，通过R(red), G(green), B(blue) 三原色的叠加来得到各种颜色，每个原色的取值范围为0-255；hsv对应HSV颜色模型，H代表色调，S代表饱和度，V代表明度；lch对应LCH颜色空间，L代表亮度，C代表彩度，H代表色相，其中RGB模型运用最广泛，只要掌握这个模型即可。

颜色定义的写法如下

red = 255,0,0
red = rgb(255,0,0)
red = hsv(0,1,1)
red = lch(54,105,40)

默认使用rgb颜色体系，当然也可以通过函数指定对应的颜色体系。

对于常见的颜色，比如red, blue, green, 事先定义了一些列的颜色梯度，以red为例，对应的颜色梯度为

  1. vvlred

  2. vlred

  3. lred

  4. red

  5. dred

  6. vdred

  7. vvdred

v代表very, l代表light, d代表dark, vvlred就是very very light red, vvdred 代表very very drak red, 整个颜色梯度从非常浅的红色过度到非常深的红色。我们只需要记住几种基础颜色的name, 通过v,l,d前缀就可以得到层次鲜明的多种颜色了。

在etc/colors.conf中，还引入了以下3个颜色配置文件

  1. colors.brewer.conf

  2. colors.ucsc.conf

  3. colors.hsv.conf

colos.brewer.conf中定义了一系列的color list, 格式如下

palette-numcolors-type-idx

palette 代表颜色梯度的名字；numcolors代表该颜色梯度包含的颜色的数目；type代表颜色梯度的类型，seq在底色的基础渐变而成，div则颜色区分较明显，qual的各种颜色之间区分程度组大，idx表示下标, 示意图如下

circos colors怎么使用

示例如下

blues-5-seq = blues-5-seq-(\d+)
blues-5-seq-rev = rev(blues-5-seq-(\d+))
blues-5-seq-1 = 239,243,255
blues-5-seq-2 = 189,215,231
blues-5-seq-3 = 107,174,214
blues-5-seq-4 = 49,130,189
blues-5-seq-5 = 8,81,156

blues就是这个颜色梯度的名字，5表示有这个颜色梯度有5种颜色, seq代表颜色类型，可以看到都是基于蓝色的渐变，所以是seq类型，1-5定义了5种具体的颜色。

调用是指定color list的名字就行，一个color list会有正向和反向两种颜色梯度，比如blue-5-seq和blue-5-seq-rev, rev代表反向的意思，在使用时，根据自己的情况选择是否反向即可

colors.ucsc.conf定义了ideogram和cytoband的颜色

1. 染色体的颜色

# Default UCSC color scheme for chromosome colors.
chr1  = 153,102,0
chr2  = 102,102,0
chr3  = 153,153,30
chr4  = 204,0,0
chr5  = 255,0,0
chr6  = 255,0,204
chr7  = 255,204,204
chr8  = 255,153,0
chr9  = 255,204,0
chr10 = 255,255,0

2. band对应的颜色

# Karyotype band colors for ideograms
gpos100 = 0,0,0
gpos    = 0,0,0
gpos75  = 130,130,130
gpos66  = 160,160,160
gpos50  = 200,200,200
gpos33  = 210,210,210
gpos25  = 200,200,200
gvar    = 220,220,220
gneg    = 255,255,255
acen    = 217,47,39
stalk   = 100,127,164

color.hsv.conf使用HSV颜色体系，定义了多种颜色，示例如下

hue000 = hsv(0,1,1)
hue001 = hsv(1,1,1)
hue002 = hsv(2,1,1)
hue003 = hsv(3,1,1)
hue004 = hsv(4,1,1)
hue005 = hsv(5,1,1)
hue006 = hsv(6,1,1)
hue007 = hsv(7,1,1)
hue008 = hsv(8,1,1)
hue009 = hsv(9,1,1)
hue010 = hsv(10,1,1)

通过上述几个配置文件，我们已经可以得到了大部分的颜色名称了。在etc目录下，还有一个colors.unix.txt文件。这个文件保存了常用的颜色的定义，示例如下

alice_blue = 240,248,255
aliceblue = 240,248,255
antique_white = 250,235,215
antiquewhite = 250,235,215
antiquewhite1 = 255,239,219
antiquewhite2 = 238,223,204

以上4个文件涵盖了circos中所有颜色相关的配置，了解这几个文件之后，再也不用担心颜色属性赋值的问题了。

到此，相信大家对“circos colors怎么使用”有了更深的了解，不妨来实际操作一番吧！这里是创新互联网站，更多相关内容可以进入相关频道进行查询，关注我们，继续学习！


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