每天三分钟搞定linux shell脚本24 后台模式运行

当运行脚本的时候在最后加上符号 ，则对应的脚本在 后台运行 。建立脚本为，

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输入 ./test.sh 运行

运行后1.txt文件会不断增加内容，但是脚本以后台运行不会在终端占用。运行结果为：

输入 jobs 可以看到这个后台进程：

这个时候如果输入exit，不会提示有后台进程在运行，而且后台进程也会退出。因为终端会话退出的时候会给这个后台进程发送一个 SIGHUP信号 。如果想要终端退出之后，进程不退出，可以让进程捕获SIGHUP信号。当然还有另一个方法，使用 nohup 指令运行脚本，比如输入：

当用 nohup 并使用后台模式运行之后，即使退出终端，进程也不会收到SIGHUP信号。并且nohup会自动把标准输出和标准错误重定向到nohup.out的文件中。

一个 运行的进程或者暂停的进程 都是一个作业，使用 jobs 命令可以查看当前的作业状态。输入：

我当前的输出为：

（上面的作业2是输入 ctrl+z 后暂停的进程）

其中， + 号被当作是默认作业，每个作业的前面有自己的序号。如果后续操作不加序号，那么就被当做是在操作默认作业。比如使用 fg 指令前台运行作业，就是把27652这个进程前台运行，如果输入 fg 1 ，那么就是操作作业 1 了。带-号的表示下一个默认作业。

输入 bg 1 把 1号作业 后台运行，输入 fg 2 把 2号作业 前台运行。

学生信的那些事儿之七 - Linux基础之Shell脚本编程

沿着前面的轨迹，接下来是Linux中shell脚本的学习。这对于生信工程师后续处理大量 (海量更合适些) 数据是非常非常重要的，但是同样的，作为一个有点古板的人，对于"脚本"是什么意思我都死磕了好久。主要觉得有些抽象，尤其是跟生信的同事讨论项目分析部分的问题时，他们经常会说道这个词，在他们意识里这是个不言自明的术语，殊不知对外行人而言 (比如我)，那简直就是无情的"知识的诅咒"。经常是我假装听懂了，然后继续讨论下面的问题，形成一个模糊的印象。

百度上的解释是：脚本（Script）是一种批处理文件的延伸，是一种纯文本保存的程序，一般来说的计算机脚本程序是确定的一系列控制计算机进行运算操作动作的组合，在其中可以实现一定的逻辑分支等。不知道你能不能看懂，反正我开始的时候真是一知半解。

鸟哥私房菜的解释是：shell script是利用 shell 的功能所写的一个"程序"，这个程序是使用纯文本文件，将一些shell的语法与命令(含外部命令)写在里面，搭配正则表达式、管道命令与数据流重定向等功能，以达到我们所想要的处理的目的。不明觉厉，好像更看不懂了···

Jude 的简单粗暴大白话解释是：脚本就是Linux中很多命令按照一定规则的组合，以实现某个特定的功能。Linux中有很多简单的命令，往往只是进行了简单的对话，比如 cd 就是进入到某个目录，简单直接。但是如果我想进入某个目录A，然后在目录A中创建目录B，再在目录B中创建文本C呢？当然可以一步一步操作，如果想要一步到位呢，那就可以用脚本，把三个命令写在一起，一起执行。好像有点啰嗦···

或者从英语的角度去理解，脚本的对应英文是Script，而这个单词的中文释义中还有剧本的意思。剧本就好理解了啊，剧本就是导演(生信工程师)基于某个主旨(要实现的目标)按照一定的手法(规则)所写的一个故事。不管是哪个演员，都得按照剧本演。所以，学好英语对于生信也是有帮助的~

按照脚本的复杂程度可以分为：

这个无需多说，其实就是若干个简单命令的顺序排列，执行脚本后会按照命令的前后关系从前往后一一执行。

相对于简单的基本脚本，结构化的命令脚本可以施加逻辑流程控制，从而改变程序(命令)执行的顺序。基本脚本中的命令就是从上往下执行，但是结构化的命令脚本可以根据逻辑判断重复或者跳过某些命令。

常用的结构化命令(语句)有：

后面还有什么嵌套循环啊啥的，不过我觉得上面的7中命令学到家了，应该可以应付大部分在生信分析里面的应用了。

记得高中的时候，物理老师(也是班主任)在给我们讲解习题时有个有意思的套路：不管什么难题现在下面写个"答："，以示自己解决问题的决心，也是一种正向的心理暗示。脚本编写也是有套路的，不过总的来说还是比较简单。

对于简单的脚本(超级简单的那种)，直接几个命令连在一起即可，中间用"；"隔开。

对于更长更复杂的脚本，一般需要创建一个文本，并在里面编辑。这就涉及到了文本编辑器，比较常用和简单的一般有nano和vim，实在很简单，规则也容易理解，教程随手可得，不多说。

比如用vim创建了一个脚本之后，具体的语法(套路)：

ok，脚本写完了，怎么让脚本开始工作呢？这有涉及到之前讲过的环境变量和相对路径、绝对路径了。方法有三：

就这么多吧，应该有点感觉到了，剩下的就是狂练狂练了~

Linux 命令 & shell 脚本之06(for、while、until 命令)

1.1 读取数组中的值

1.2 读取字典中的值

6.bash中C语言风格的for循环

10.2 跳出内部循环

10.3 跳出外部循环

Linux下开机启动脚本程序

本周我们学习了如何使用Linux编辑脚本程序，当我们编写好脚本的时候，我们需要返回终端界面，使用各种编译器运行程序，但是有时候我们需要在系统开机的时候就自动运行这些程序，下面我们就来看一下在Linux下将脚本设定成开机自动运行的方法。

Linux在启动时，会自动执行/etc/rc.d目录下的初始化程序，因此我们可以把启动任务放到该目录下。假设我们需要运行的脚本文件是test1目录下的test.py。

在系统中找到/etc/rc.local文件，系统会根据该文件来启动所指定的脚本或命令。

我们需要用超级用户登录，并在上述文件最后添加需要运行的脚本文件。

随后cd /home/test1返回test1目录以对其进行更改。 

su test1 -c "python /home/test1/test.py" --把要执行的命令作为一个参数传递级su

下面我们就可以实现这个脚本的开机自动运行。

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