Linux Parallel 简单用法

parallel是一个Linux命令行并行工具(mac也可以用)

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这里只说一种简单的用法，基本上能满足日常工作需求,

假设当前目录有三个 *.txt 文件，我们使用gzip对着三个文件进行压缩

1.顺序执行语句:

2.parallel并行版本

3.读取命令版本

Linux下的并行神器——parallel

GNU Parallel的输入源支持文件、命令行和标准输入（stdin或pipe）。

当然，若不想像上面那样进行组合，可使用 --xapply 参数从每一个源获取一个参数（或文件一行），这个参数有些类似R中的函数，具有广播作用——如果其中一个输入源的长度比较短，它的值会被重复。

GNU Parallel可以通过 --arg-sep 和 --arg-file-sep 指定分隔符替代 ::: 或 ::::，当这两个符号被其它命令占用的时候会特别有用。

GNU Parallel默认把一行做为一个参数：使用 \n 做为参数定界符。可以使用 -d 改变：

GNU Parallel支持通过 -E 参数指定一个值做为结束标志：

GNU Parallel使用 --no-run-if-empty 来跳过空行:

如果parallel之后没有给定命令，那么这些参数会被当做命令：

此外，命令还可以是一个脚本文件，一个二进制可执行文件或一个bash的函数（须用 export -f 导出函数）

GNU Parallel支持多种替换字符串，默认使用 {}，使用 -I 改变替换字符串符号 {}。其最常见的字符串替换包括以下几种： {.} ，去掉扩展名； {/} ,去掉路径，只保留文件名； {//} ，只保留路径； {/.} ，同时去掉路径和扩展名； {#} ，输出任务编号。同时对于每一个字符串替换都可以自己指定符号： -I 对应 {} ； --extensionreplace 替换 {.} ； --basenamereplace 替换 {/} ； --dirnamereplace 替换 {//} ； --basenameextensionreplace 替换 {/.} ； --seqreplace 替换 {#} 。

同时，如果有多个输入源时，可以通过 {编号} 指定某一个输入源的参数：

使用 --header 把每一行输入中的第一个值做为参数名。

使用 --colsep 把文件中的行切分为列，做为输入参数。

--xargs 会在一行中输入尽可能多的参数（与参数字符串长度有关），通过 -s 可指定一行中参数的上限。

为了获得更好的并发性，GNU Parallel会在文件读取结束后再分发参数。

GNU Parallel 在读取完最后一个参数之后，才开始第二个任务，此时会把所有的参数平均分配到4个任务（如果指定了4个任务）。

第一个任务与上面使用 --xargs 的例子一样，但是第二个任务会被平均的分成4个任务，最终一共5个任务。（奇怪的是我的结果与官网教程的结果不一样）

替换字符串可以是输出字符的一部分，使用 -m 参数表示每个job不重复输出“背景”（context）， -X 则与 -m 相反，会重复输出“背景文本”，具体通过下面几个例子进行理解：

使用 -N 限制每行参数的个数，其中 -N0 表示一次只读取一个参数，且不输入这个参数（作为计数器来使用）。

如果命令行中包含特殊字符，就需要使用引号保护起来。

perl脚本 'print "@ARGV\n"' 与linux的 echo 的功能一样。

使用GNU Parallel运行这条命令的时候，perl命令需要用引号包起来，也可以使用 -q 保护perl命令：

使用 --trim 去除参数两头的空格：

使用 --tag 以参数做为输出前缀，使用 --tagstring 修改输出前缀：

--dryrun 作用类似于echo：

--verbose 则在运行之前先打印命令：

一般来说，GNU Parallel 会延迟输出，直到一组命令执行完成。使用 --ungroup ，可立刻打印输出已完成部分。

使用 --ungroup 会很快，但会导致输出错乱，一个任务的行输出可能会被另一个任务的输出截断。像上例所示，第二行输出混合了两个任务： '4-middle' '2-start'。使用 --linebuffer 避免这个问题（稍慢一点）：

强制使输出与参数保持顺序 --keep-order/-k ：

GNU Parallel可以把每一个任务的输出保存到文件中，临时文件默认保存在 /tmp 中，可以使用 --tmpdir改变（或者修改 $TMPDIR）：

输出文件可以有结构的保存 --results ，输出文件不仅包含标准输出（stdout）也会包含标准错误输出（stderr）：

在使用多个变量的时候会显示很有用：

使用 --jobs/-j 指定并行任务数。

通过使用 --interactive 在一个任务执行之前让用户决定是否执行。

当job有大量的IO操作时，为避免 “惊群效应” ，可使用 --delay 参数指定各个job开始的时间间隔。

若已知任务超过一定时间未反应则为失败则可以通过 --timeout 指定等待时间避免无谓的等待。GNU parallel能计算所有任务运行时间的中位数，因此可以指定时间为中位数的倍数关系。

GNU parallel有多种方式可用来动态的显示任务进度信息，如：

使用 --joblog 参数能够生成各个任务的日志文件：

通过 --resume-failed 参数可以重新运行失败的任务; --retry-failed 的作用与 --resume-failed 类似，只是 --resume-failed 从命令行读取失败任务，而 --retry-failed 则是从日志文件中读取失败任务：

GNU parallel支持在某一情况下（如第一个失败或成功时，或者20%任务失败时）终止任务，终止任务又有两种类型，其一为立即终止（通过 --halt now 指定），杀死所有正在运行的任务并停止生成新的任务，其二为稍后终止（通过 --halt soon 指定），停止生成新任务并等待正在运行任务完成。

GNU parallel还支持在任务失败后重试运行 --retries :

关于终止信号的高级用法参考 官方入门文档 。

GNU parallel能够在开始一个新的任务前检查系统的负载情况防止过载（通过 --load 可指定负载），同时还能检查系统是否使用了交换空间（swap）（通过 --noswap 限制使用swap）。

同时，对于某些占用内存较多的程序，parallel会检查内存只有内存满足时才启动任务（通过 --memfree 指定需要内存大小），而且在启动任务后内存不够50%时会杀掉最新开始的任务，直到这个任务完成再重新开始那些杀死的任务。

还可以通过 --nice 来指定任务的优先级。

可使用 -S host 来进行远程登陆：

parallel -S username@$SERVER1 echo running on ::: username@$SERVER1

GNU parallel 文件传输使用的是rsync。

更多远程操作参见入门文档。

--pipe 参数使得我们可以将输入（stdin）分为多块（block），然后分配给多个任务多个cpu以达到负载均衡，最后的结果顺序与原始顺序一致。使用 --block 参数可以指定每块的大小，默认为1M。

如果不关心结果顺序，只想要快速的得到结果，可使用 --round-robin 参数。没有这个参数时每块文件都会启动一个命令，使用这个参数后会将这些文件块分配给job数任务（通过 --jobs 进行指定）。若想分配更为均匀还可同时指定 --block 参数。

参考：

官方文档

GNU Parallel指南

Linux集群常用指令

姓名：张昊楠   学号：21021210691

存储NAS 文件操作

df -h查看空间使用情况

警惕超大 nohup.out

ls   当前路径下的文件列表

pwd  查看当前路径

cd    进入某个文件夹

任务提交

任务提交前

qhost--查看集群负载状态

qsub / qsub-sge.pl--提交任务

qstat--查看任务状态

qdel / qmod--任务控制

任务查看

qhost -j---列出所有用户在每个节点上的任务

qhost -q---列出每个节点上每个队列的任务数

qhost -u username---列出某个用户在每个节点上的任务

提交命令

qsub -cwd -q queue.q test.sh

qsub-sge.pl --maxproc 50 --resource vf=5G --queue queue.q test.sh

任务查看2

qstat -u username---查看某个用户的任务

qstat -u *,---查看所有用户的任务

qstat –j jobs_ID---查看某个任务的详细信息

查看.e和.o文件

.e：错误信息

.o：标准输出

任务控制

qdel jobID---删除某个任务

qdel -u username---删除某个用户的所有任务

qmod -s jobID--挂起某个任务

qmod -us jobID---继续运行某个挂起的任务

按任务占用内存大小选择相应的队列

查看队列 qstat -g c

QUEUE

PE.q--并行

cloud.q--云平台

general.q--96G节点

middle.q--96G节点

great.q--大内存节点

plus.q--大内存节点

single.q--Trinity组装

single._p.q---Trinity组装（占用内存较大）

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