这篇文章主要为大家展示了“CPC工具有什么用”，内容简而易懂，条理清晰，希望能够帮助大家解决疑惑，下面让小编带领大家一起研究并学习一下“CPC工具有什么用”这篇文章吧。

10年积累的成都网站设计、网站制作、外贸营销网站建设经验，可以快速应对客户对网站的新想法和需求。提供各种问题对应的解决方案。让选择我们的客户得到更好、更有力的网络服务。我虽然不认识你，你也不认识我。但先网站设计后付款的网站建设流程，更有广元免费网站建设让你可以放心的选择与我们合作。

CPC是由北京大学开发的一款lncRNA预测工具，只需要输入fasta格式的转录本序列，该软件就可以判断每条转录本的蛋白编码潜能并进行打分，根据得分将转录本划分为coding和non-coding两类，网址如下

http://cpc2.cbi.pku.edu.cn/

该软件最新版本为CPC2, 相比CPC1版本，运行速度快了1000倍左右，准确性也更高，安装方式如下

wget http://cpc2.cbi.pku.edu.cn/data/CPC2-beta.tar.gz
tar xzvf CPC2-beta.tar.gz
cd CPC2-beta/
export CPC_HOME="$PWD"
cd libs/libsvm
tar xzvf libsvm-3.18.tar.gz
cd libsvm-3.18
make clean && make

需要注意的是，该软件依赖biopython模块，需要自己先安装好这个模块。软件安装好之后，可以通过如下图所示的命令查看软件用法

用法非常简单，-i参数指定输出的fasta格式的转录本序列，-o参数指定输出结果的名称。示例如下

python CPC2.py -i transcript.fasta -o output.txt

结果文件内容示意如下

上述结果是我直接用RefSeq中人的转录本序列跑出来的，最后一列代表该软件对转录本的分类，可以看到部分NR开头的转录本被归类为coding, 部分NM开头的转录本被归类为noncoding, 所以软件预测尽管文献里都会说准确率很高，其实还是存在很多误判。

为了降低lncRNA预测的假阳性，除了软件预测的结果，一般还会结合与swissprot蛋白质数据库，Rfam数据库比对的结果，去除能够比对上数据库的转录本序列。

除了本地版安装外，还提供了一个在线服务，支持上传Fasta, Bed, GTF格式的文件，示意如下

以上是“CPC工具有什么用”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注创新互联行业资讯频道！

文章标题：CPC工具有什么用
标题网址：http://azwzsj.com/article/gpcgeh.html