R语言的多重比较是怎样的

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前面提到ANOVA的F检验能够知道五种疗法有显著性差异,但是不知道哪一种疗法和其他疗法不同,多重比较可以解决这个问题。TukeyHSD()函数提供对各组均值差异的成对比较。但是TukeyHSD()函数与HH包存在不兼容性的问题,在调用TukeyHSD()函数时,要先从搜索路径中删除HH包,命令:detach("package::HH"),否则TukeyHSD()函数将会失效。

TukeyHSD成对组间比较:

> TukeyHSD(fit)

  Tukey multiple comparisons of means

    95% family-wise confidence level

Fit: aov(formula = response ~ trt)

$trt

                  diff        lwr       upr     p adj

2times-1time   3.44300 -0.6582817  7.544282 0.1380949

4times-1time   6.59281  2.4915283 10.694092 0.0003542

drugD-1time    9.57920  5.4779183 13.680482 0.0000003

drugE-1time   15.16555 11.0642683 19.266832 0.0000000

4times-2times  3.14981 -0.9514717  7.251092 0.2050382

drugD-2times   6.13620  2.0349183 10.237482 0.0009611

drugE-2times  11.72255  7.6212683 15.823832 0.0000000

drugD-4times   2.98639 -1.1148917  7.087672 0.2512446

drugE-4times   8.57274  4.4714583 12.674022 0.0000037

drugE-drugD    5.58635  1.4850683  9.687632 0.0030633

> par(las=2)

> par(mar=c(5,8,4,2))

> plot(TukeyHSD(fit))

从结果显示可知,1times和2times的均值差异不显著(p=0.138),1times和4times之间的差异非常显著(p<0.001)

成对比较图形如下图:par(las=2)语句用来旋转轴标签,第二个par(mar=c(5,8,4,2))用来增大左边界的面积,可使得标签摆放更加美观。图形中置信区间包含0的说明两者之间的差异不明显,即2times-1time、4times-2times  、drugD-4times。

R语言的多重比较是怎样的

mulcomp包的ghlt()函数提供多重均值比较更全面的方法。适用于线性模型也适用于广义线性模型。

library(multcomp)

par(mar=c(5,4,6,2))

tuk <- glht(fit,linfct=mcp(trt="Tukey"))

plot(cld(tuk,level=.05),col="lightgrey")R语言的多重比较是怎样的

par增大顶部边界面积,cld()函数的level选项设置使用显著性水平(0.05,即95%的置信区间),有相同字母的说明均值差异不显著,即2times-1time、4times-2times  、drugD-4times之间均有相同字母,故差异不显著。没有相同字母的差异明显。

上述就是小编为大家分享的R语言的多重比较是怎样的了,如果刚好有类似的疑惑,不妨参照上述分析进行理解。如果想知道更多相关知识,欢迎关注创新互联行业资讯频道。


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